菜籽油中除甘油三酯外的其他成分稱為雜質。菜籽油煉油設備的作用是去除食用油中的雜質，保持油的生物學特性，保留或提取有用物質。事實上，菜籽油精煉設備并不是去除所有雜質，而是選擇性去除菜籽毛油中的雜質。

 根據菜籽油中雜質的組成和性質，可分為三類：

 (1)不溶性固體雜質，如淤泥、餅粉、纖維、黏土、催化劑等。

 (2)膠溶雜質，如游離脂肪酸、甾醇、維生素E、色素、維生素、棉酚等。

 (3) 揮發性雜質，如水分、醇類、烴類溶劑、異味物質等。

 大多數雜質對菜籽油的質量和儲存安全有害。例如，水份不僅會影響油的透明度，還會促進油的水解和酸敗。游離脂肪酸影響風味并促進變質。磷脂可以使油混濁并在加熱時產生黑色沉淀物，起泡、苦味等。各種色素直接影響油的顏色，也會促進油的酸敗。膠體、硫磷化合物、皂角和重金屬鹽的存在，使得汽提等后續工藝難以脫酸。

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